Webinars GT Microbiologie-Cytométrie
Le groupe thématique Microbiologie-Cytométrie SFM en association avec l’AFC est heureux de vous annoncer une série de Webinars courts pour compléter le chapitre « Microbiologie » de l’ouvrage La cytométrie en flux sorti chez Lavoisier fin 2020. Chaque webinar comprendra la présentation d’une méthode, en détaillant les protocoles, pour l’étude des micro-organismes par cytométrie en flux, et un temps pour des questions des participants, et sera coordonné par Marielle Bouix (responsable du GT).
Les webinars
Quantifier l’état physiologique des bactéries sporulées. Cytométrie en flux et microbiologie prévisionnelle
18 Mars 2024 – 13h30-14h15
18 Mars 2024 – 13h30-14h15
Intervenant : Clément Trunet, maître de conférences à l’Université de Bretagne Occidentale
Les bactéries sporulées, appartenant aux ordres des Bacilliales et à la classe des Clostridia, peuvent être une cause majeure d’altération ou d’intoxication alimentaire. Lorsqu’elles sont sous forme de spores, ces bactéries sont capables de résister à de nombreux traitements comme les traitements thermiques, les traitements chimiques ou d’autres techniques de décontamination comme la lumière pulsée.
Le cycle de vie de ces micro-organismes est composé de plusieurs étapes : la croissance, la sporulation, la germination et enfin la reprise de croissance. Le passage d’un état physiologique au suivant présente une grande hétérogénéité individuelle. De plus, l’application de traitements d’inactivation ou des conditions de croissance défavorables accroissent la variabilité de comportement des spores et des cellules individuelles. La prise en compte de ces variabilités individuelles apparaît alors comme un élément clé dans l’amélioration de la maîtrise de la flore sporulée en industrie agroalimentaire.
La cytométrie en flux permet la discrimination des spores dormantes, des spores germées et des cellules végétatives sur des critères morphologiques (taille, structure) et sur des critères physiologiques comme la perméabilité membranaire. La reprise d’activité, précédant la reprise de croissance, peut être observée grâce à des marqueurs d’activité estérase notamment. L’ensemble de ces différenciations par cytométrie en flux permet de quantifier l’hétérogénéité du passage d’un état à un autre, en fonction de différents facteurs environnementaux. Ces méthodes donnent accès à de nouvelles données pouvant être utilisées dans des modèles mathématiques stochastiques qui permettront de mieux décrire et prévoir le comportement de la flore sporulée en fonction des conditions environnementales.
La cytométrie en flux apparaît donc comme un outil performant pour étudier le comportement des bactéries sporulées (i) d’un point de vue fondamental afin d’observer l’évolution des spores au cours du temps grâce à des paramètres morphologiques et physiologiques (ii) d’un point de vue appliqué en obtenant de nouvelles données permettant de mieux quantifier et prévoir l’hétérogénéité de comportement, au sein d’une population.
Potentiel de membrane
Date à définir
Le potentiel de membrane (ΔΨ) des micro-organismes est un paramètre important pour la connaissance de l’activité cellulaire, des cellules viables pouvant être actives (potentiel de membrane élevé) ou peu actives ou dormantes (potentiel de membrane faible ou nul). Des marqueurs fluorescents cationiques ou anioniques peuvent être utilisés pour évaluer le potentiel de membrane. Deux informations sont accessibles : le pourcentage de cellules dépolarisées et l’intensité de dépolarisation. Ce webinar abordera les méthodes de mesures et donnera quelques exemples d’applications.
pH intracellulaire
Date à définir
Une cellule est normalement capable de réguler son pH intracellulaire (pHi) pour le maintenir constant, et permettre le bon fonctionnement des enzymes cytoplasmiques. Toutefois, des stress ou certains métabolismes peuvent faire varier le pHi. La mesure du pHi peut être effectuée avec des fluorochromes dont l’intensité de fluorescence est sensible au pH. La méthode doit prendre en compte les variations de taille de cellules et donc de la concentration en marqueur suivant la phase de croissance. La méthode et des exemples d’applications seront développés dans ce webinar.
Fluidité membranaire
Date à définir
La membrane cytoplasmique doit conserver un état optimal de fluidité quelles que soient les conditions extérieures, et pour cela, elle est capable d’adapter sa composition lipidique en réponse à des changements physiques ou chimiques de l’environnement cellulaire. La mesure de fluidité membranaire permet d’évaluer l’impact de différents facteurs et la capacité d’adaptation des microorganismes. Cette mesure repose sur une mesure d’anisotropie de fluorescence d’un marqueur qui s’intercale dans la bicouche lipidique et dont la mobilité dépend de la fluidité membranaire. Elle suppose un cytomètre modifié, capable de mesurer l’anisotropie de fluorescence de ce marqueur. Ce webinar présentera les modifications de l’appareil, la méthode de mesure et des exemples d’applications.
Les webinars passés
Dénombrement
15 juin 2021 13h30-14h15
La cytométrie en flux permet l’analyse rapide et le comptage des micro-organismes dans une suspension. Associée à des marqueurs fluorescents de viabilité/mortalité, il est possible de dénombrer en moins de 30min les levures ou les bactéries totales, viables et mortes présentes dans une suspension.
Ce webinar présentera les méthodes et les marqueurs fluorescents, pour le dénombrement des micro-organismes en s’appuyant en particulier la norme ISO 19344 :2015 pour le dénombrement des bactéries lactiques et probiotiques dans les ferments laitiers.
Flow-Fish
22 juin 2021 13h30-14h15
La méthode FISH (Fluorescent In Situ Hybridization) couplée à la cytométrie en flux permet la détection spécifique et rapide de micro-organismes dans un mélange. Après avoir donné le principe, les intérêts et les limites de cette méthode, le kit commercial de détection (VERMICON) de Brettanomyces bruxellensis dans les vins sera présenté par Pascal Brunou (Sysmex).
La détection spécifique par anticorps
14 janvier 2022, 13h30-14h15
Le marquage d’un microorganisme avec un anticorps spécifique fluorescent permet de le détecter ensuite rapidement par cytométrie en flux. Ce webinar exposera les principes de la méthode ainsi que des éléments sur le choix des anticorps (polyclonal/monoclonal), le choix du fluorochrome et du couplage (direct ou méthode sandwich), la possibilité de marquage simultané avec un marqueur de viabilité……Ces données seront illustrées par des exemples.
Intervenants :
Delphine Scalbert-Sterlin
AP-HP Sorbonne Université – Hôpital Pitié-Salpêtrière
Département d’Immunologie
Vincent THOMAS
BIOASTER
Head of the Microbiome Program
Samuel BELLAIS
BIOASTER
Le tri de micro-organismes
31 janvier 2022, 13h30-14h15
Ce webinar présentera le principe, les critères de tri (taille, fluorescences) et les spécificités à prendre en compte pour trier des micro-organismes, en particulier si l’objectif est de les remettre en culture après le tri. Dans le cas des micro-organismes anaérobies stricts, des précautions supplémentaires sont nécessaires pour maintenir l’anaérobiose pendant toute l’opération de tri. Différents exemples seront présentés.
Intervenants :
Mickaël BOURGE
Imagerie-Gif, plateforme de cytométrie
CNRS – I2BC
Vincent THOMAS
BIOASTER
Head of the Microbiome Program
Samuel BELLAIS
BIOASTER
Vitalité cellulaire
30 mai 2023 13h30-14h15
Marielle Bouix
La vitalité cellulaire dépend de la charge énergétique des cellules. Elle se traduit par la cinétique des réactions métaboliques ou activité métabolique. Dans les industries de fermentation, les ferments doivent être viables mais aussi actifs pour coloniser rapidement le milieu en début de fermentation. On peut aussi évaluer l’effet de stress sur les cellules par la mesure de vitalité. La cytométrie en flux permet de mesurer en 30min la vitalité cellulaire, ce qui est plus simple et plus rapide que les mesures cinétiques d’activités métaboliques. Ce webinaire présentera la méthode avec quelques exemples de corrélation avec des mesures d’activités sur des levures et des bactéries.
Viabilité des microorganismes: marquages classiques et nouveautés pour les pathogènes
Lundi 25 septembre 13h30
Intervenants :
Claire Saulou-Bérion: AgroParisTech, UMR SayFood, Université Paris-Saclay
Sophie Viel,INSERM, Plateforme PLAIMMO, Université Paris-Saclay
La cytométrie en flux permet l’analyse rapide et le comptage des microorganismes dans une suspension. Associée à des marqueurs fluorescents de viabilité/mortalité, il est possible de dénombrer en moins de 30min les levures ou les bactéries totales, viables et mortes présentes dans une suspension. Dans le cas des bactéries pathogènes des précautions supplémentaires doivent être prises pour protéger les opérateurs. Ce webinaire présentera les méthodes classiques et maintenant largement utilisées pour le dénombrement des microorganismes viables et morts, mais aussi les nouveautés avec des marqueurs fixables qui permettent de mieux prendre en compte la sécurité sur les plateformes de cytométrie.
