Offre de thèse : Etude du rôle des INTERactions nutritionnelles dans l’expression de l’ACTIVité bioprotectrice de communautés microbiennes synthétiques en milieu laitier (INTERACTIV)
Descriptif de la thématique de recherche :
Chaque année, un tiers des aliments produits sur la planète sont perdus/gaspillés (FAO, 2013). La bioprotection peut contribuer à contrôler les altérations et la qualité sanitaire des aliments, pour limiter ces pertes. Trois communautés modèles, composées chacune de trois souches de bactéries lactiques (LAB), ont précédemment été sélectionnées dans notre laboratoire pour exprimer une activité bioprotectrice vis-à-vis de souches de Salmonella Mbandaka en milieu laitier synthétique. Cinq souches de LAB, appartenant à trois espèces des genres Lactococcus et Leuconostoc, sont à la base de ces communautés. Les objectifs du projet INTERACTIV sont de décrypter les mécanismes impliqués dans les interactions nutritionnelles entre ces communautés microbiennes bioprotectrices modèles et des souches de Salmonella. Le travail consistera dans un premier temps à étudier les dynamiques des populations en milieu synthétique laitier : partant d’un modèle déjà construit intégrant une souche luminescente de Salmonella Mbandaka, un suivi des bactéries lactiques (LAB) et de Salmonella sera réalisé par qPCR, culture, et – pour Salmonella seulement – luminescence. Les amorces nécessaires à la qPCR seront définies grâce aux génomes, d’ores-et-déjà disponibles, des 5 LAB. Dans un second temps, une étude de l’impact des interactions nutritionnelles sera réalisée pour évaluer l’effet de modifications de la concentration du milieu en nutriments (éléments métalliques, vitamines, acides aminés et acides organiques) sur les dynamiques et l’activité des différentes populations, en couplant des approches de RNAseq et de protéomique, ainsi que des analyses par ICP-MS (métaux) et/ou GC-MS (composés volatils) et/ou GC et LC-HRMS (métabolome et volatilome). Les génomes des cinq souches seront analysés in silico pour identifier les mécanismes et/ou voies métaboliques potentiellement impliqués dans l’effet inhibiteur vis-à-vis de Salmonella et les confronter aux résultats obtenus par approche expérimentale. Enfin, l’intégration de l’ensemble des données aura pour objectif de proposer une méthodologie de sélection de nouvelles communautés inhibitrices.
