Durée: 15 mois (avec possibilité de prolongation), démarrage en novembre ou décembre 2024 (ouvert à discussion)Lieu: UMR Ecologie Microbienne – Lyon (responsables scientifiques : Benoit Cournoyer et Wessam Galia), CNRS, INRAE, VetAgro Sup et Université Claude –Bernard Lyon 1.Employeur : CNRS DR7, voir l’offre via https://emploi.cnrs.fr/Eléments de contexteLes missions se dérouleront dans le cadre des activités de recherche de l’UMR Écologie Microbienne (http://www.ecologiemicrobiennelyon.fr/). L’IR intégrera un projet de recherche financé par l’ANR (agence nationale de la recherche – France) s’inscrivant dans les domaines de la « santé unique » (One Health), et de la microbiologie urbaine, notamment l’étude de la dissémination d’agents pathogènes bactériens en ville. Les travaux de l’IR concerneront l’analyse de la diversité, du fonctionnement et des dangers sanitaires associés aux assemblages microbiens des surfaces urbaines (rues, trottoirs, jardins de pluie). Les missions impliqueront l’analyse de grands jeux de données de (i) séquences d’amplicons PCR (gènes universels et fonctionnels), et (ii) de contigs de métagénomes, dans l’objectif d’inférer les assemblages microbiens des surfaces urbaines ainsi que l’occurrence de certains groupes fonctionnels. Ces travaux pourront s’appuyer sur des données de séquences d’ADN existantes (meta-barcoding et métagénomes) permettant à l’agent recruté d’appliquer dès son intégration au sein de l’équipe divers pipelines d’analyses bio-informatiques et bio-statistiques pour inférer les composantes (ASV, MAG, etc.) de ces jeux de données, étudier les réseaux de co-occurrences entre ces entités ainsi qu’avec certains descripteurs du milieu, dont les organisations socio-urbanistiques et concentrations en polluants et nutriments. Ces travaux pourront être complétés par des études fonctionnelles effectuées en collaboration avec les autres membres du consortium. Les travaux s’effectueront principalement dans les locaux VetAgro Sup – campus vétérinaire de l’UMR Ecologie Microbienne.Profil recherchéDoctorat en Sciences (PhD) dans les domaines de l’écologie microbienne, de l’écologie moléculaire ou de la microbiologie.Le/la candidat(e) devra avoir une très bonne maîtrise des concepts d’écologie microbienne et écologie moléculaire, et une forte expertise des modes d’analyses (bio-informatiques / bio-statistiques via, entre autres, les packages R, et autres) de séquences d’ADN produites par approches méta-barcoding et/ou métagénomiques. Le/la candidat(e) devra témoigner d’une très bonne expertise en microbiologie générale, et d’un intérêt pour les domaines de la santé environnementale et de l’infectiologie.Salaire et conditions : CDD IR selon grille CNRS (prise en compte des années d’expérience)Modalités de dépôt d’une candidature (voir: https://emploi.cnrs.fr/)Merci de transmettre votre dossier avant le 30 septembre 2024 aux adresses email suivantes :(1) benoit.cournoyer@vetagro-sup.fr , (2) wessam.galia@vetagro-sup.fr
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