L’article coup de coeur du ReJMiC – Septembre 2024

Ce mois-ci, Brune, de Lyon, nous propose un article coup de coeur !

Bacterial dynamics of the plastisphere microbiome exposed to sub-lethal antibiotic pollution
Brune Joannard & Concepcion Sanchez-Cid

PMID: 38790062 ; PMCID: PMC11127405 ; DOI: 10.1186/s40168-024-01803-2

“La résistance des bactéries aux antibiotiques est un enjeu transdisciplinaire et il est important d’en comprendre les différents moteurs afin de la maîtriser. La sélection de résistance survient chez l’homme et dans l’environnement, 2 écosystèmes intriqués. Dans l’environnement aquatique, les antibiotiques et les microplastiques, provenant de la dégradation des plastiques émis par l’activité anthropogénique, sont des polluants majeurs et préoccupants.

Il est établi que la plastisphère, constituée d’une communauté microbienne formant un biofilm autour des particules de plastique, potentialise la résistance aux antibiotiques. Cependant, les mécanismes sous-jacents de l’interaction entre les antibiotiques et la plastisphère restaient à être explorés. Les propriétés physico-chimiques du plastique en elles-mêmes sont-elles responsables d’un stress pour les bactéries ? L’adsorption des antibiotiques et des bactéries est-elle le seul facteur responsable de la sélection de résistance ? Est-ce simplement le mécanisme lié au biofilm ? Le mécanisme implique-t-il une sélection des bactéries résistantes ou des échanges de gènes entre les bactéries ? Nous avons tenté avec l’équipe d’écologie microbienne de l’Université Lyon I de répondre à une partie de ces questions à travers diverses techniques de biologie moléculaire (qPCR, séquençage NGS short- et long-reads), éléments génétiques d’intérêt (ARN 16S, gènes de résistance, intégrons de classe I) et analyses bio-informatiques (reads non assemblés, assemblage de génomes, assemblage de plasmides et de bactériophages). Bonne lecture !”