Du génotype au phénotype : patho-évolution des souches françaises de Mycobacterium bovis.
Doctorat de biologie à l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES)
Lieu de travail : Maisons-Alfort – Ile-de-France – France
Directeur de thèse : Maria Laura Boschiroli (maria-laura.boschiroli@anses.fr)
Co-directeur de thèse : Franck Biet (franck.biet@inra.fr)
Description du sujet
La tuberculose bovine (bTB), loin d’être une maladie du passé, est une zoonose dont l’impact économique reste aujourd’hui particulièrement élevé pour l’agriculture française. Ces dernières années, les cas de plus en plus fréquents de bTB identifiés, tant chez les animaux d’élevage comme dans la faune sauvage, ont complexifié la problématique et la gestion sanitaire de cette maladie à déclaration obligatoire. De nouvelles questions surgissent sur l’épidémiologie de cette maladie et la capacité de certaines souches à proliférer dans des systèmes multi-hôtes impliquant les bovins, la faune sauvage et leur environnement. Récemment nous avons obtenu des premières données génomiques de plusieurs dizaines de souches françaises et mis en évidence la présence de plusieurs complexes clonaux majeurs sur le territoire ainsi que l’émergence de génotypes dominants.
Le but de ce projet est d’établir le profil phénotypique de ces génotypes émergents de Mycobacterium bovis à large spectre d’hôtes par des nouvelles approches génomiques et biochimiques. Ce projet comprend trois tâches : 1/ obtention de séquences de référence par l’assemblage de novo (séquençage Illumina/PacBio) de génomes de souches appartenant aux groupes clonaux majoritaires ; 2/ recherche des évènements génomiques (insertion/délétion ou large sequence polymorphism (LSP)) sur l’ensemble des génomes ; étude de la variation génétique focalisée sur l’analyse des gènes de virulence, des gènes impliqués dans biosynthèse de l’enveloppe et des antigènes excrétés ; 3/ analyse des profils protéiques et lipidomiques par SDS PAGE, Western Blot, chromatographie en couche mince et analyses de spectrométrie de masse.
