Laura Quero
Directeur : J. Mounier
LUBEM EA3882
Développement de la spectrométrie de masse MALDI-TOF pour l’identification des champignons filamenteux d’intérêt alimentaire et étude de leur résistance aux molécules biocides
Les moisissures d’altération sont à l’origine de pertes alimentaires et économiques importantes et certaines espèces peuvent présenter un danger pour la santé humaine et animale avec la production de mycotoxines. Dans ce contexte, la maîtrise de la qualité et de la sécurité des aliments passe par une bonne connaissance des espèces impliquées. Cette connaissance repose sur une identification fiable et rapide et l’obtention d’informations sur les facteurs abiotiques impactant leur développement, tels que les conservateurs, largement utilisés dans l’industrie. Dans ce cadre, les objectifs de thèse étaient de développer l’utilisation de la spectrométrie de masse MALDI-TOF pour l’identification des moisissures et d’évaluer son application à la résolution de complexe d’espèces et au typage, et enfin d’évaluer la néphélométrie laser pour mesurer en haut-débit leur croissance en présence de conservateurs.
Dans un premier temps, une base de données robuste a été construite avec près de 6500 spectres correspondant à 136 espèces fongiques. Dans un deuxième temps, la technique MALDI-TOF a été appliquée avec succès à la différenciation de 23 espèces du complexe Aspergillus section Flavi et a permis différencier des isolats de Penicillium roqueforti appartenant à 3 populations génétiquement différenciées. Enfin, la néphélométrie laser a permis un suivi haut-débit de la croissance de 14 espèces fongiques d’altération en présence de 3 conservateurs et ainsi d’obtenir des informations sur les concentrations minimales inhibitrices de ces derniers. Ces travaux ont démontré l’applicabilité de techniques alternatives permettant d’identifier et de caractériser les moisissures d’altération.
Mots clés : moisissures d’altération, identification, spectrométrie de masse MALDI-TOF, complexes d’espèces, néphélométrie laser, croissance
